100701药物化学(001化学制药部、009 上海市抗感染药物重点实验室010化学制药新技术中心、006生物制药部)
《有机化学》：王积涛主编，南开大学(微博)出版社，2003第二版
《基础有机化学》(上、下)：邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编。“十五”国家级规划教材 高等教育出版社，2005年6月 第三版
《药物化学》：尤启东主编，化学工业出版社，2004第一版
《高等药物化学》周伟澄主编 化学工业出版社 2006年 第一版
《分析化学》， 孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版
《有机化合物光谱解析学》：姚新生主编，人民卫生出版社
100702药剂学(003药物制剂国家工程研究中心、011上海呼吸系统药物工程技术研究中心)：
《分析化学》：李发美主编，人民卫生出版社，第五版
《物理化学》：候新朴主编，高等医学院校药学类教材，人民卫生出版社
《物理化学简明教程》：印永嘉等编，高等教育出版社
《药剂学》：崔福德主编，人民卫生出版社，2003年第五版
《生物药剂学与药物动力学》：梁文权主编，人民卫生出版社，2004年第二版
100703生药学(004中药研究部)：
《天然药物化学》：吴立军主编，人民卫生出版社，第五版
《分析化学》：李发美主编，人民卫生出版社，第六版
《有机化合物结构鉴定与有机波谱学》：宁永城，科学出版社，2004年第二版
100704药物分析学(005分析测试中心)：
《基础有机化学》(上、下)：邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编。“十五”国家级规划教材 高等教育出版社，2005年6月 第三版
《分析化学》， 孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版
100705微生物与生化药学(006生物制药部)：
《微生物学》：沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版
《生物化学》：王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版
100706药理学(007药理评价研究中心、008国家(上海)新药安全评价研究中心、011中国医药工业信息中心)：
《生物化学》：查锡良主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版
《药理学》：杨宝峰主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版
《毒理学基础》：王心如主编，人民卫生出版社 第五版
081703生物化工(006生物制药部)
《微生物学》：沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版
《生物化学》：王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版
